Badai Pasti Berlalu mengisahkan tentang Sisca (Michelle Ziudith) yang memilih Labuan Bajo untuk menenangkan diri dan memulihkan luka hatinya pasca diselingkuhi sang pacar. Tak disangka, ia bertemu dengan Helmi (Immanuel Caesar Hito) saat tengah mencoba membawa pulang adiknya Valen (Dinda Mahira) yang tengah hamil besar akibat ulah Dicky (Teuku Ryan), ayah Sisca.